O Tratado de Assunção de 1991 previa a criação de uma Secretaria Administrativa com sede na cidade de Montevidéu, que teria, dentre suas funções principais, a guarda de documentos e o apoio ao Grupo Mercado Comum.
Posteriormente, no ano de 1994, o Protocolo de Ouro Preto inclui a Secretaria Administrativa do MERCOSUL na Estrutura Institucional do bloco, um órgão de apoio operativo, responsável pela prestação de serviços aos demais órgãos do MERCOSUL.
Em dezembro de 1996,o MERCOSUL assinou com a República Oriental do Uruguai o Acordo de Sede para o Funcionamento da Secretaria Administrativa do MERCOSUL, aprovado por meio da Decisão CMC Nº 04/96, posteriormente incorporado ao direito interno da República Oriental do Uruguai por meio da Lei Nº 16.829, de 29 de maio de 1997.
A Secretaria do MERCOSUL está localizada no antigo “Parque Hotel” em Montevidéu, Uruguai.
Até o ano de 2002, a Secretaria desempenhou tarefas principalmente administrativas, quais sejam: arquivo oficial da documentação do MERCOSUL, publicação das normas aprovadas pelos órgãos decisórios do bloco, organização dos aspectos logísticos das reuniões dos órgãos do MERCOSUL dentro e fora de sua sede permanente, fornecimento regular de informações aos Estados Partes sobre o estado de incorporação das normas aprovadas, e outras tarefas solicitadas pelos órgãos referidos.
Em resposta à evolução do processo de integração, no ano de 2002 os Estados Partes resolveram avançar na transformação da SAM em uma Secretaria Técnica.
A Decisão CMC Nº 30/02 do Conselho do Mercado Comum autorizou a Secretaria Administrativa do MERCOSUL a usar a denominação “Secretaria do MERCOSUL” para fins de divulgação, sem efeitos jurídicos. Assim, novas funções foram atribuídas à Secretaria e foi criado o Setor de Assessoria Técnica (SAT), constituído por quatro Assessores Técnicos.
Dentre outras atribuições, esse setor tem de prestar assessoramento e apoio técnico aos demais órgãos do MERCOSUL, com vistas a contribuir para a conformação de um espaço de reflexão comum sobre o desenvolvimento e a consolidação do processo de integração.
As tarefas específicas atribuídas abrangem, dentre outras, a realização de estudos de interesse para o processo de integração, a preparação de documentos de trabalho, a compilação de informações e propostas, a realização de levantamentos de antecedentes, a elaboração de relatórios periódicos -em bases semestrais- sobre a evolução do processo de integração, o desenvolvimento de estudos sobre temas de interesse do MERCOSUL, e o controle da consistência jurídica dos atos e normas emanados dos órgãos do MERCOSUL.
A própria dinâmica do processo e a necessidade de continuar a aprofundar no caminho para a materialização do mercado comum significaram avanços jurídico-institucionais. Portanto, a SM foi reorganizada, com vistas a fortalecê-la e dotá-la de maior capacidade técnica e operativa.
A esse respeito, no início do ano de 2007 foi aprovada a Decisão CMC Nº 07/07, sobre Estrutura e Funcionamento da Secretaria do MERCOSUL, que redefine as competências dos Setores que integram a estrutura da SM.
Posteriormente junto com os setores existentes, foi reforçado o perfil técnico da SM com a criação, em seu âmbito, das seguintes Unidades: Unidade Técnica FOCEM (UTF), Unidade Técnica de Comércio Exterior (UTECEM), Unidade Técnica de Cooperação Internacional (UTCI)*, Unidade Técnica de Educação (UTE)** e Unidade de Comunicação e Informação (UCIM).
Finalmente a Decisão CMC N° 15/15 “Normas Gerais para Funcionários MERCOSUL” consolidou e atualizou as normas aplicáveis aos funcionários MERCOSUL e à organização e funcionamento da estrutura institucional da SM e da UTF, resultando no seguinte organograma: